F2PY 示例#
以下是 F2PY 用法的一些示例。此列表并不全面,但可以作为封装您自己代码的起点。
注意
查找示例的最佳位置是 NumPy 问题跟踪器,或 f2py
的测试用例。更多用例请参见样板代码精简和模板化。
F2PY 演练:一个基本的扩展模块#
为基本扩展模块创建源文件#
考虑以下子例程,它包含在一个名为 add.f
的文件中
C
SUBROUTINE ZADD(A,B,C,N)
C
DOUBLE COMPLEX A(*)
DOUBLE COMPLEX B(*)
DOUBLE COMPLEX C(*)
INTEGER N
DO 20 J = 1, N
C(J) = A(J)+B(J)
20 CONTINUE
END
此例程简单地将两个连续数组中的元素相加并将结果放入第三个数组中。所有这三个数组的内存必须由调用例程提供。f2py 可以自动生成此例程的一个非常基本的接口
python -m numpy.f2py -m add add.f
此命令将在当前目录中生成一个名为 addmodule.c
的扩展模块。此扩展模块现在可以像任何其他扩展模块一样从 Python 编译和使用。
创建一个编译后的扩展模块#
您还可以让 f2py 同时编译 add.f
和生成的扩展模块,只留下一个可以从 Python 导入的共享库扩展文件
python -m numpy.f2py -c -m add add.f
此命令会生成一个与您的平台兼容的 Python 扩展模块。然后可以将此模块从 Python 导入。它将包含 add
中每个子例程的一个方法。每个方法的文档字符串都包含有关如何调用模块方法的信息
>>> import add
>>> print(add.zadd.__doc__)
zadd(a,b,c,n)
Wrapper for ``zadd``.
Parameters
----------
a : input rank-1 array('D') with bounds (*)
b : input rank-1 array('D') with bounds (*)
c : input rank-1 array('D') with bounds (*)
n : input int
改进基本接口#
默认接口是 Fortran 代码到 Python 的非常字面化的翻译。Fortran 数组参数被转换为 NumPy 数组,整数参数应映射到 C
整数。如果转换不成功,接口将尝试将所有参数转换为所需的类型(和形状)并发出错误。然而,由于 f2py
对参数的语义一无所知(例如 C
是输出,n
应该真正匹配数组大小),因此可能以导致 Python 崩溃的方式滥用此函数。例如
>>> add.zadd([1, 2, 3], [1, 2], [3, 4], 1000)
将在大多数系统上导致程序崩溃。在底层,列表被转换为数组,但随后底层 add
函数被告知超出分配内存的边界循环。
为了改进接口,f2py
支持指令。这通过构建一个签名文件来实现。通常最好从 f2py
在该文件中生成的接口开始,这些接口对应于默认行为。要让 f2py
生成接口文件,请使用 -h
选项
python -m numpy.f2py -h add.pyf -m add add.f
此命令在当前目录中创建 add.pyf
文件。此文件中对应于 zadd
的部分是
subroutine zadd(a,b,c,n) ! in :add:add.f
double complex dimension(*) :: a
double complex dimension(*) :: b
double complex dimension(*) :: c
integer :: n
end subroutine zadd
通过放置 intent 指令和检查代码,可以相当程度地清理接口,使得 Python 模块方法既更易于使用,又对格式不正确的输入更健壮。
subroutine zadd(a,b,c,n) ! in :add:add.f
double complex dimension(n) :: a
double complex dimension(n) :: b
double complex intent(out),dimension(n) :: c
integer intent(hide),depend(a) :: n=len(a)
end subroutine zadd
intent 指令 intent(out)
用于告诉 f2py,c
是一个输出变量,应在传递给底层代码之前由接口创建。intent(hide)
指令告诉 f2py 不允许用户指定变量 n
,而是从 a
的大小中获取它。depend( a )
指令是必需的,用于告诉 f2py 变量 n 的值依赖于输入 a(这样它就不会尝试创建变量 n,直到变量 a 被创建)。
修改 add.pyf
后,可以通过编译 add.f
和 add.pyf
来生成新的 Python 模块文件
python -m numpy.f2py -c add.pyf add.f
新接口的文档字符串是
>>> import add
>>> print(add.zadd.__doc__)
c = zadd(a,b)
Wrapper for ``zadd``.
Parameters
----------
a : input rank-1 array('D') with bounds (n)
b : input rank-1 array('D') with bounds (n)
Returns
-------
c : rank-1 array('D') with bounds (n)
现在,可以以更健壮的方式调用该函数
>>> add.zadd([1, 2, 3], [4, 5, 6])
array([5.+0.j, 7.+0.j, 9.+0.j])
注意发生了自动转换为正确格式的情况。
在 Fortran 源代码中插入指令#
上一节中的健壮接口也可以通过将变量指令作为特殊注释放置在原始 Fortran 代码中来自动生成。
注意
对于正在积极开发 Fortran 代码的项目,这可能是首选方式。
因此,如果源代码修改为包含
C
SUBROUTINE ZADD(A,B,C,N)
C
CF2PY INTENT(OUT) :: C
CF2PY INTENT(HIDE) :: N
CF2PY DOUBLE COMPLEX :: A(N)
CF2PY DOUBLE COMPLEX :: B(N)
CF2PY DOUBLE COMPLEX :: C(N)
DOUBLE COMPLEX A(*)
DOUBLE COMPLEX B(*)
DOUBLE COMPLEX C(*)
INTEGER N
DO 20 J = 1, N
C(J) = A(J) + B(J)
20 CONTINUE
END
然后,可以使用以下命令编译扩展模块
python -m numpy.f2py -c -m add add.f
函数 add.zadd 的最终签名与之前创建的签名完全相同。如果原始源代码包含 A(N)
而不是 A(*)
,并且 B
和 C
也是如此,那么通过在源代码中放置 INTENT(OUT) :: C
注释行,可以获得几乎相同的接口。唯一的区别是 N
将是一个可选输入,默认为 A
的长度。
一个过滤示例#
此示例展示了一个函数,该函数使用固定的平均滤波器过滤一个二维双精度浮点数数组。从这个例子中应该清楚地看出使用 Fortran 索引多维数组的优势。
C
SUBROUTINE DFILTER2D(A,B,M,N)
C
DOUBLE PRECISION A(M,N)
DOUBLE PRECISION B(M,N)
INTEGER N, M
CF2PY INTENT(OUT) :: B
CF2PY INTENT(HIDE) :: N
CF2PY INTENT(HIDE) :: M
DO 20 I = 2,M-1
DO 40 J = 2,N-1
B(I,J) = A(I,J) +
& (A(I-1,J)+A(I+1,J) +
& A(I,J-1)+A(I,J+1) )*0.5D0 +
& (A(I-1,J-1) + A(I-1,J+1) +
& A(I+1,J-1) + A(I+1,J+1))*0.25D0
40 CONTINUE
20 CONTINUE
END
可以使用以下命令将此代码编译并链接到名为 filter 的扩展模块中
python -m numpy.f2py -c -m filter filter.f
这将在当前目录中生成一个扩展模块,其中包含一个名为 dfilter2d
的方法,该方法返回输入的过滤版本。
depends
关键字示例#
考虑以下代码,保存为文件 myroutine.f90
subroutine s(n, m, c, x)
implicit none
integer, intent(in) :: n, m
real(kind=8), intent(out), dimension(n,m) :: x
real(kind=8), intent(in) :: c(:)
x = 0.0d0
x(1, 1) = c(1)
end subroutine s
使用 python -m numpy.f2py -c myroutine.f90 -m myroutine
封装此代码后,我们可以在 Python 中执行以下操作
>>> import numpy as np
>>> import myroutine
>>> x = myroutine.s(2, 3, np.array([5, 6, 7]))
>>> x
array([[5., 0., 0.],
[0., 0., 0.]])
现在,我们不再直接生成扩展模块,而是首先为此子例程创建一个签名文件。这是多步骤扩展模块生成的常见模式。在这种情况下,运行后
python -m numpy.f2py myroutine.f90 -m myroutine -h myroutine.pyf
生成以下签名文件
! -*- f90 -*-
! Note: the context of this file is case sensitive.
python module myroutine ! in
interface ! in :myroutine
subroutine s(n,m,c,x) ! in :myroutine:myroutine.f90
integer intent(in) :: n
integer intent(in) :: m
real(kind=8) dimension(:),intent(in) :: c
real(kind=8) dimension(n,m),intent(out),depend(m,n) :: x
end subroutine s
end interface
end python module myroutine
! This file was auto-generated with f2py (version:1.23.0.dev0+120.g4da01f42d).
! See:
! https://web.archive.org/web/20140822061353/http://cens.ioc.ee/projects/f2py2e
现在,如果我们运行 python -m numpy.f2py -c myroutine.pyf myroutine.f90
,我们会看到一个错误;请注意,签名文件包含了 x
的 depend(m,n)
语句,这是不必要的。实际上,编辑上面的文件以使其内容为
! -*- f90 -*-
! Note: the context of this file is case sensitive.
python module myroutine ! in
interface ! in :myroutine
subroutine s(n,m,c,x) ! in :myroutine:myroutine.f90
integer intent(in) :: n
integer intent(in) :: m
real(kind=8) dimension(:),intent(in) :: c
real(kind=8) dimension(n,m),intent(out) :: x
end subroutine s
end interface
end python module myroutine
! This file was auto-generated with f2py (version:1.23.0.dev0+120.g4da01f42d).
! See:
! https://web.archive.org/web/20140822061353/http://cens.ioc.ee/projects/f2py2e
并运行 f2py -c myroutine.pyf myroutine.f90
会得到正确的结果。