在 Python 中使用 F2PY 绑定#
在本页中，您可以找到 F2PY 与 Python 和不同参数类型的常见用法模式的完整描述和一些示例。有关更多示例和用例，请参阅 F2PY 示例。
Fortran 类型对象#
由 F2PY 生成的所有 Fortran/C 例程、公共块或 Fortran 90 模块数据的包装器在 Python 中都作为 fortran 类型对象公开。例程包装器是可以调用的 fortran 类型对象，而 Fortran 数据的包装器则具有引用数据对象的属性。
所有 fortran 类型对象都具有一个名为 _cpointer 的属性，该属性包含一个指向相应 Fortran/C 函数或变量在 C 级别对应的 C 指针的 PyCapsule。此类 PyCapsule 对象可以用作 F2PY 生成的函数的回调参数，以绕过 Python C/API 层从 Fortran 或 C 调用 Python 函数。当此类函数的计算方面在 C 或 Fortran 中实现并使用 F2PY（或任何其他能够提供包含函数的 PyCapsule 的工具）包装时，这将非常有用。
考虑一个 Fortran 77 文件 `ftype.f
C FILE: FTYPE.F
SUBROUTINE FOO(N)
INTEGER N
Cf2py integer optional,intent(in) :: n = 13
REAL A,X
COMMON /DATA/ A,X(3)
C PRINT*, "IN FOO: N=",N," A=",A," X=[",X(1),X(2),X(3),"]"
END
C END OF FTYPE.F
以及使用 f2py -c ftype.f -m ftype 构建的包装器。
在 Python 中，您可以观察 foo 和 data 的类型，以及如何访问包装后的 Fortran 代码的各个对象。
>>> import ftype
>>> print(ftype.__doc__)
This module 'ftype' is auto-generated with f2py (version:2).
Functions:
foo(n=13)
COMMON blocks:
/data/ a,x(3)
.
>>> type(ftype.foo), type(ftype.data)
(<class 'fortran'>, <class 'fortran'>)
>>> ftype.foo()
IN FOO: N= 13 A= 0. X=[ 0. 0. 0.]
>>> ftype.data.a = 3
>>> ftype.data.x = [1,2,3]
>>> ftype.foo()
IN FOO: N= 13 A= 3. X=[ 1. 2. 3.]
>>> ftype.data.x[1] = 45
>>> ftype.foo(24)
IN FOO: N= 24 A= 3. X=[ 1. 45. 3.]
>>> ftype.data.x
array([ 1., 45., 3.], dtype=float32)
标量参数#
通常，F2PY 生成的包装器函数的标量参数可以是普通的 Python 标量（整数、浮点数、复数），也可以是标量的任意序列对象（列表、元组、数组、字符串）。在后一种情况下，序列对象的第一个元素将作为标量参数传递给 Fortran 例程。
注意
当需要类型转换并且可能通过缩小（例如，将浮点数转换为整数或复数转换为浮点数）导致信息丢失时，F2PY *不会*引发异常。
对于复数到实数的类型转换，仅使用复数的实部。
intent(inout)标量参数被假定为数组对象，以便使*就地*更改生效。建议使用具有正确类型的数组，但其他类型也可以使用。 详细了解 intent 属性。
考虑以下 Fortran 77 代码
C FILE: SCALAR.F
SUBROUTINE FOO(A,B)
REAL*8 A, B
Cf2py intent(in) a
Cf2py intent(inout) b
PRINT*, " A=",A," B=",B
PRINT*, "INCREMENT A AND B"
A = A + 1D0
B = B + 1D0
PRINT*, "NEW A=",A," B=",B
END
C END OF FILE SCALAR.F
并使用 f2py -c -m scalar scalar.f 对其进行包装。
在 Python 中
>>> import scalar
>>> print(scalar.foo.__doc__)
foo(a,b)
Wrapper for ``foo``.
Parameters
----------
a : input float
b : in/output rank-0 array(float,'d')
>>> scalar.foo(2, 3)
A= 2. B= 3.
INCREMENT A AND B
NEW A= 3. B= 4.
>>> import numpy
>>> a = numpy.array(2) # these are integer rank-0 arrays
>>> b = numpy.array(3)
>>> scalar.foo(a, b)
A= 2. B= 3.
INCREMENT A AND B
NEW A= 3. B= 4.
>>> print(a, b) # note that only b is changed in situ
2 4
字符串参数#
F2PY 生成的包装器函数接受几乎任何 Python 对象作为字符串参数，因为对于非字符串对象将应用 str。例外情况是 NumPy 数组，当用作字符串参数时，必须具有类型代码 'S1' 或 'b'（分别对应于过时的 'c' 或 '1' 类型代码）。有关这些类型代码的更多信息，请参阅 标量。
字符串在用作 F2PY 生成的包装器函数的字符串参数时可以具有任意长度。如果长度大于预期，则字符串将被静默截断。如果长度小于预期，则会分配额外的内存并填充 \0。
因为 Python 字符串是不可变的，所以 intent(inout) 参数需要字符串的数组版本才能使*就地*更改生效。
考虑以下 Fortran 77 代码
C FILE: STRING.F
SUBROUTINE FOO(A,B,C,D)
CHARACTER*5 A, B
CHARACTER*(*) C,D
Cf2py intent(in) a,c
Cf2py intent(inout) b,d
PRINT*, "A=",A
PRINT*, "B=",B
PRINT*, "C=",C
PRINT*, "D=",D
PRINT*, "CHANGE A,B,C,D"
A(1:1) = 'A'
B(1:1) = 'B'
C(1:1) = 'C'
D(1:1) = 'D'
PRINT*, "A=",A
PRINT*, "B=",B
PRINT*, "C=",C
PRINT*, "D=",D
END
C END OF FILE STRING.F
并使用 f2py -c -m mystring string.f 对其进行包装。
Python 会话
>>> import mystring
>>> print(mystring.foo.__doc__)
foo(a,b,c,d)
Wrapper for ``foo``.
Parameters
----------
a : input string(len=5)
b : in/output rank-0 array(string(len=5),'c')
c : input string(len=-1)
d : in/output rank-0 array(string(len=-1),'c')
>>> from numpy import array
>>> a = array(b'123\0\0')
>>> b = array(b'123\0\0')
>>> c = array(b'123')
>>> d = array(b'123')
>>> mystring.foo(a, b, c, d)
A=123
B=123
C=123
D=123
CHANGE A,B,C,D
A=A23
B=B23
C=C23
D=D23
>>> a[()], b[()], c[()], d[()]
(b'123', b'B23', b'123', b'D2')
数组参数#
通常，F2PY 生成的包装器函数的数组参数接受可以转换为 NumPy 数组对象的任意序列。有两个值得注意的例外情况
intent(inout)数组参数必须始终为 正确连续 且具有兼容的dtype，否则将引发异常。intent(inplace)数组参数如果参数的类型与预期不同，则将在*就地*更改（有关详细信息，请参阅intent(inplace)属性）。
通常，如果 NumPy 数组为 正确连续 且具有正确的类型，则将其直接传递给包装后的 Fortran/C 函数。否则，将创建输入数组的逐元素副本，并将该副本（为正确连续且具有正确类型）用作数组参数。
通常，无需担心数组如何在内存中存储以及包装后的函数（无论是 Fortran 函数还是 C 函数）是否假定一种或另一种存储顺序。F2PY 自动确保包装后的函数获得具有正确存储顺序的参数；底层算法旨在仅在绝对必要时才复制数组。但是，当处理非常大的多维输入数组时，其大小接近计算机中物理内存的大小，则必须注意确保使用正确连续且类型正确的参数。
要将输入数组转换为列主存储顺序，然后再将其传递给 Fortran 例程，请使用函数 numpy.asfortranarray。
考虑以下 Fortran 77 代码
C FILE: ARRAY.F
SUBROUTINE FOO(A,N,M)
C
C INCREMENT THE FIRST ROW AND DECREMENT THE FIRST COLUMN OF A
C
INTEGER N,M,I,J
REAL*8 A(N,M)
Cf2py intent(in,out,copy) a
Cf2py integer intent(hide),depend(a) :: n=shape(a,0), m=shape(a,1)
DO J=1,M
A(1,J) = A(1,J) + 1D0
ENDDO
DO I=1,N
A(I,1) = A(I,1) - 1D0
ENDDO
END
C END OF FILE ARRAY.F
并使用 f2py -c -m arr array.f -DF2PY_REPORT_ON_ARRAY_COPY=1 对其进行包装。
在 Python 中
>>> import arr
>>> from numpy import asfortranarray
>>> print(arr.foo.__doc__)
a = foo(a,[overwrite_a])
Wrapper for ``foo``.
Parameters
----------
a : input rank-2 array('d') with bounds (n,m)
Other Parameters
----------------
overwrite_a : input int, optional
Default: 0
Returns
-------
a : rank-2 array('d') with bounds (n,m)
>>> a = arr.foo([[1, 2, 3],
... [4, 5, 6]])
created an array from object
>>> print(a)
[[ 1. 3. 4.]
[ 3. 5. 6.]]
>>> a.flags.c_contiguous
False
>>> a.flags.f_contiguous
True
# even if a is proper-contiguous and has proper type,
# a copy is made forced by intent(copy) attribute
# to preserve its original contents
>>> b = arr.foo(a)
copied an array: size=6, elsize=8
>>> print(a)
[[ 1. 3. 4.]
[ 3. 5. 6.]]
>>> print(b)
[[ 1. 4. 5.]
[ 2. 5. 6.]]
>>> b = arr.foo(a, overwrite_a = 1) # a is passed directly to Fortran
... # routine and its contents is discarded
...
>>> print(a)
[[ 1. 4. 5.]
[ 2. 5. 6.]]
>>> print(b)
[[ 1. 4. 5.]
[ 2. 5. 6.]]
>>> a is b # a and b are actually the same objects
True
>>> print(arr.foo([1, 2, 3])) # different rank arrays are allowed
created an array from object
[ 1. 1. 2.]
>>> print(arr.foo([[[1], [2], [3]]]))
created an array from object
[[[ 1.]
[ 1.]
[ 2.]]]
>>>
>>> # Creating arrays with column major data storage order:
...
>>> s = asfortranarray([[1, 2, 3], [4, 5, 6]])
>>> s.flags.f_contiguous
True
>>> print(s)
[[1 2 3]
[4 5 6]]
>>> print(arr.foo(s))
>>> s2 = asfortranarray(s)
>>> s2 is s # an array with column major storage order
# is returned immediately
True
>>> # Note that arr.foo returns a column major data storage order array:
...
>>> s3 = ascontiguousarray(s)
>>> s3.flags.f_contiguous
False
>>> s3.flags.c_contiguous
True
>>> s3 = arr.foo(s3)
copied an array: size=6, elsize=8
>>> s3.flags.f_contiguous
True
>>> s3.flags.c_contiguous
False
回调参数#
F2PY 支持从 Fortran 或 C 代码调用 Python 函数。
考虑以下 Fortran 77 代码
C FILE: CALLBACK.F
SUBROUTINE FOO(FUN,R)
EXTERNAL FUN
INTEGER I
REAL*8 R, FUN
Cf2py intent(out) r
R = 0D0
DO I=-5,5
R = R + FUN(I)
ENDDO
END
C END OF FILE CALLBACK.F
并使用 f2py -c -m callback callback.f 对其进行包装。
在 Python 中
>>> import callback
>>> print(callback.foo.__doc__)
r = foo(fun,[fun_extra_args])
Wrapper for ``foo``.
Parameters
----------
fun : call-back function
Other Parameters
----------------
fun_extra_args : input tuple, optional
Default: ()
Returns
-------
r : float
Notes
-----
Call-back functions::
def fun(i): return r
Required arguments:
i : input int
Return objects:
r : float
>>> def f(i): return i*i
...
>>> print(callback.foo(f))
110.0
>>> print(callback.foo(lambda i:1))
11.0
在上面的示例中，F2PY 能够准确地猜测回调函数的签名。但是，有时 F2PY 无法建立适当的签名；在这些情况下，必须在签名文件中明确定义回调函数的签名。
为了便于此，签名文件可以包含特殊的模块（这些模块的名称包含特殊的 __user__ 子字符串），这些模块定义了回调函数的各种签名。例程签名中的回调参数具有 external 属性（另请参阅 intent(callback) 属性）。为了将回调参数与其在 __user__ 模块块中的签名关联起来，可以使用 use 语句，如下所示。同一个回调参数的相同签名可以在不同的例程签名中引用。
我们使用与上一个示例中相同的 Fortran 77 代码，但现在我们将假装 F2PY 无法正确猜测回调参数的签名。首先，我们使用 F2PY 创建一个初始签名文件 callback2.pyf
f2py -m callback2 -h callback2.pyf callback.f
然后对其进行如下修改
! -*- f90 -*-
python module __user__routines
interface
function fun(i) result (r)
integer :: i
real*8 :: r
end function fun
end interface
end python module __user__routines
python module callback2
interface
subroutine foo(f,r)
use __user__routines, f=>fun
external f
real*8 intent(out) :: r
end subroutine foo
end interface
end python module callback2
最后，我们使用 f2py -c callback2.pyf callback.f 构建扩展模块。
此代码段的 Python 会话示例与上一个示例相同，只是参数名称有所不同。
有时，Fortran 包可能要求用户提供该包将使用的例程。F2PY 可以构建此类例程的接口，以便可以从 Fortran 调用 Python 函数。
考虑以下 Fortran 77 子例程，它将数组作为输入并将其元素应用于函数 func。
subroutine calculate(x,n)
cf2py intent(callback) func
external func
c The following lines define the signature of func for F2PY:
cf2py real*8 y
cf2py y = func(y)
c
cf2py intent(in,out,copy) x
integer n,i
real*8 x(n), func
do i=1,n
x(i) = func(x(i))
end do
end
Fortran 代码期望函数 func 已在外部定义。为了对 func 使用 Python 函数，它必须具有属性 intent(callback)，并且必须在 external 语句之前指定。
最后，使用 f2py -c -m foo calculate.f 构建扩展模块
在 Python 中
>>> import foo
>>> foo.calculate(range(5), lambda x: x*x)
array([ 0., 1., 4., 9., 16.])
>>> import math
>>> foo.calculate(range(5), math.exp)
array([ 1. , 2.71828183, 7.3890561, 20.08553692, 54.59815003])
即使函数 *不在* Fortran 子例程参数列表中，它也作为参数包含在对 Fortran 子例程的 Python 函数调用中。“external”关键字指的是由 f2py 生成的 C 函数，而不是 Python 函数本身。Python 函数本质上是提供给 C 函数的。
回调函数也可以在模块中显式设置。然后，无需在参数列表中将函数传递给 Fortran 函数。如果调用 Python 回调函数的 Fortran 函数本身由另一个 Fortran 函数调用，则可能需要这样做。
考虑以下 Fortran 77 子例程
subroutine f1()
print *, "in f1, calling f2 twice.."
call f2()
call f2()
return
end
subroutine f2()
cf2py intent(callback, hide) fpy
external fpy
print *, "in f2, calling f2py.."
call fpy()
return
end
并使用 f2py -c -m pfromf extcallback.f 对其进行包装。
在 Python 中
>>> import pfromf
>>> pfromf.f2()
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
pfromf.error: Callback fpy not defined (as an argument or module pfromf attribute).
>>> def f(): print("python f")
...
>>> pfromf.fpy = f
>>> pfromf.f2()
in f2, calling f2py..
python f
>>> pfromf.f1()
in f1, calling f2 twice..
in f2, calling f2py..
python f
in f2, calling f2py..
python f
>>>
解析回调函数的参数#
F2PY 生成的接口在回调参数方面非常灵活。对于每个回调参数，F2PY 会引入一个额外的可选参数 <name>_extra_args。此参数可用于将额外参数传递给用户提供的回调函数。
如果 F2PY 生成的包装器函数期望以下回调参数
def fun(a_1,...,a_n):
...
return x_1,...,x_k
但用户提供了以下 Python 函数
def gun(b_1,...,b_m):
...
return y_1,...,y_l
并且此外，
fun_extra_args = (e_1,...,e_p)
正在使用，然后当 Fortran 或 C 函数评估回调参数 gun 时，将应用以下规则
如果
p == 0，则调用gun(a_1, ..., a_q)，此处q = min(m, n)。如果
n + p <= m，则调用gun(a_1, ..., a_n, e_1, ..., e_p)。如果
p <= m < n + p，则调用gun(a_1, ..., a_q, e_1, ..., e_p)，此处q=m-p。如果
p > m，则调用gun(e_1, ..., e_m)。如果
n + p小于gun所需的参数数量，则会引发异常。
如果函数 gun 可以作为元组返回任意数量的对象；然后应用以下规则
如果
k < l，则忽略y_{k + 1}, ..., y_l。如果
k > l，则仅设置x_1, ..., x_l。
公共块#
F2PY 会为例程签名块中定义的common块生成包装器。Common块对链接到当前扩展模块的所有Fortran代码可见，但对其他扩展模块不可见（此限制是由于Python导入共享库的方式造成的）。在Python中，common块的F2PY包装器是fortran类型的对象，它们具有与common块的数据成员相关的（动态）属性。访问这些属性时，它们会返回NumPy数组对象（多维数组是Fortran连续的），这些对象直接链接到common块中的数据成员。可以通过直接赋值或对相应数组对象进行就地更改来更改数据成员。
考虑以下 Fortran 77 代码
C FILE: COMMON.F
SUBROUTINE FOO
INTEGER I,X
REAL A
COMMON /DATA/ I,X(4),A(2,3)
PRINT*, "I=",I
PRINT*, "X=[",X,"]"
PRINT*, "A=["
PRINT*, "[",A(1,1),",",A(1,2),",",A(1,3),"]"
PRINT*, "[",A(2,1),",",A(2,2),",",A(2,3),"]"
PRINT*, "]"
END
C END OF COMMON.F
并使用f2py -c -m common common.f进行包装。
在 Python 中
>>> import common
>>> print(common.data.__doc__)
i : 'i'-scalar
x : 'i'-array(4)
a : 'f'-array(2,3)
>>> common.data.i = 5
>>> common.data.x[1] = 2
>>> common.data.a = [[1,2,3],[4,5,6]]
>>> common.foo()
>>> common.foo()
I= 5
X=[ 0 2 0 0 ]
A=[
[ 1.00000000 , 2.00000000 , 3.00000000 ]
[ 4.00000000 , 5.00000000 , 6.00000000 ]
]
>>> common.data.a[1] = 45
>>> common.foo()
I= 5
X=[ 0 2 0 0 ]
A=[
[ 1.00000000 , 2.00000000 , 3.00000000 ]
[ 45.0000000 , 45.0000000 , 45.0000000 ]
]
>>> common.data.a # a is Fortran-contiguous
array([[ 1., 2., 3.],
[ 45., 45., 45.]], dtype=float32)
>>> common.data.a.flags.f_contiguous
True
Fortran 90 模块数据#
F2PY 对Fortran 90模块数据的接口类似于处理Fortran 77 common块的方式。
考虑以下Fortran 90代码
module mod
integer i
integer :: x(4)
real, dimension(2,3) :: a
real, allocatable, dimension(:,:) :: b
contains
subroutine foo
integer k
print*, "i=",i
print*, "x=[",x,"]"
print*, "a=["
print*, "[",a(1,1),",",a(1,2),",",a(1,3),"]"
print*, "[",a(2,1),",",a(2,2),",",a(2,3),"]"
print*, "]"
print*, "Setting a(1,2)=a(1,2)+3"
a(1,2) = a(1,2)+3
end subroutine foo
end module mod
并使用f2py -c -m moddata moddata.f90进行包装。
在 Python 中
>>> import moddata
>>> print(moddata.mod.__doc__)
i : 'i'-scalar
x : 'i'-array(4)
a : 'f'-array(2,3)
b : 'f'-array(-1,-1), not allocated
foo()
Wrapper for ``foo``.
>>> moddata.mod.i = 5
>>> moddata.mod.x[:2] = [1,2]
>>> moddata.mod.a = [[1,2,3],[4,5,6]]
>>> moddata.mod.foo()
i= 5
x=[ 1 2 0 0 ]
a=[
[ 1.000000 , 2.000000 , 3.000000 ]
[ 4.000000 , 5.000000 , 6.000000 ]
]
Setting a(1,2)=a(1,2)+3
>>> moddata.mod.a # a is Fortran-contiguous
array([[ 1., 5., 3.],
[ 4., 5., 6.]], dtype=float32)
>>> moddata.mod.a.flags.f_contiguous
True
可分配数组#
F2PY 对Fortran 90模块可分配数组提供基本支持。
考虑以下Fortran 90代码
module mod
real, allocatable, dimension(:,:) :: b
contains
subroutine foo
integer k
if (allocated(b)) then
print*, "b=["
do k = 1,size(b,1)
print*, b(k,1:size(b,2))
enddo
print*, "]"
else
print*, "b is not allocated"
endif
end subroutine foo
end module mod
并使用f2py -c -m allocarr allocarr.f90进行包装。
在 Python 中
>>> import allocarr
>>> print(allocarr.mod.__doc__)
b : 'f'-array(-1,-1), not allocated
foo()
Wrapper for ``foo``.
>>> allocarr.mod.foo()
b is not allocated
>>> allocarr.mod.b = [[1, 2, 3], [4, 5, 6]] # allocate/initialize b
>>> allocarr.mod.foo()
b=[
1.000000 2.000000 3.000000
4.000000 5.000000 6.000000
]
>>> allocarr.mod.b # b is Fortran-contiguous
array([[ 1., 2., 3.],
[ 4., 5., 6.]], dtype=float32)
>>> allocarr.mod.b.flags.f_contiguous
True
>>> allocarr.mod.b = [[1, 2, 3], [4, 5, 6], [7, 8, 9]] # reallocate/initialize b
>>> allocarr.mod.foo()
b=[
1.000000 2.000000 3.000000
4.000000 5.000000 6.000000
7.000000 8.000000 9.000000
]
>>> allocarr.mod.b = None # deallocate array
>>> allocarr.mod.foo()
b is not allocated